A la suite d'une interpellation au Sénat en juin 2015, le ministre de l'agriculture a souhaité un rapport sur les aménités de l'agriculture biologiques, c'est-à-dire sur ses externalités positives par rapport à l'agriculture conventionnelle. Le rapport a été remis au ministre le 18 juillet 2016, puis a fait l'objet d'une restitution officielle le 10 octobre, et enfin d'un colloque de restitution le 25 novembre. 

S'agissant de l'environnement, le rapport confirme que l'agriculture biologique génère moins d'externalités négatives par rapport à l’agriculture conventionnelle : les plus importantes sont liées à l'interdiction des pesticides de synthèse et, dans une moindre mesure à l'interdiction des engrais azotés de synthèse (la fertilisation organique pouvant aussi induire des pollutions), mais aussi à la réduction de l’usage des antibiotiques, et des additifs autorisés.